با آغاز عصر غیبت، این پرسش در اندیشه فقهای امامیه مطرح گردید که پس‌ازاین به خلیفه الهی که تنها شخص صالح برای حکومت اسلامی است دسترسی نخواهد بود ولی نیاز به حکومت برای حفظ نظام جامعه بشر و اسلامی بودن آن برای تضمین اجرای احکام دین باقی است لذا به بازکاوی ادله فقهی پرداخته شد. در این باب نظریات متعددی مطرح شد که هسته مشترک اغلب آن‌ها، لزوم تعلق یا تأیید حکومت از طریق نائب امام معصوم یعنی فقیه جامع‌الشرایط بود. از اصولی‌ترین این دیدگاه‌ها در فقه سیاسی شیعه، نظریه ولایت مطلقه فقیه به معنای لزوم تشکیل حکومت اسلامی و نظام سیاسی-اجتماعی با حضور فقیه عادل در رأس آن با سه شأن اساسی: ولایت، قضاوت و افتاء است؛ اما یکی از پرسش‌های بنیادین، نحوه به حکومت رسیدن فقیه و رابطه آن با امام معصوم (علیه‌السلام) و مردم (شهروندان) است. در فقه سیاسی، دو اندیشه اصلی دراین‌باره مطرح است: الف) اندیشه انتصاب، ب) اندیشه انتخاب. آیا این نظریه‌ها نتایج کاربردی مختلفی در سه محور اصلی نظام حقوق کیفری جامعه اسلامی یعنی تقنین، دادرسی، اجرای مجازات و تخفیف و تبدیل مجازات، خواهند داشت؟ پژوهش حاضر که از نوع تحقیقات بنیادین توصیفی-تحلیلی بوده، با روش جمع‌آوری اطلاعات از طریق کتابخانه‌ای به تحلیل این دو دیدگاه و تبیین مبانی فقهی هریک، کاربرد و تفاوت عملی این اندیشه را در نظام حقوق کیفری بررسی می‌نماید. از نتایج آن می‌توان به این اشاره نمود که طبق نظریه انتصاب تنها معیار و ملاک  در جرم انگاری فتوا و نظر فقهی فقیه حاکم خواهد بود و تولیت امر قضاوت توسط ولی‌فقیه باواسطه یا بی‌واسطه انجام می‌پذیرد و تولیت اجرای مجازات حق الهی قطعاً با ولی‌فقیه خواهد بود وگرنه مشروعیتی نخواهد داشت و درباره مجازات حق‌الناس طبق فتوای فقیه حاکم عمل می‌شود؛ اما از دیدگاه ساختار انتخاب  ممکن است فتوایی غیر از فتوای فقیه حاکم معیار باشد و تولیت امر قضاوت و اجرای مجازات اعم از حق‌اللهی و حق‌الناسی با توجه به نظرات فقهی به انتخاب مردم تعیین می‌گردد و منحصر در فتوای فقیه حاکم نخواهد بود.