تحصیلات تکمیلی
دانشگاه شهید مطهری (ره) برای اولین بار در سال ۱۳۶۶ در مقطع کارشناسی ارشد و در دو رشته فقه و حقوق اسلامی و فلسفه و حکمت اسلامی اقدام به پذیرش دانشجو نموده است. از همان سال فعالیت دانشگاه در مقاطع کارشناسی ارشد، اداره تحصیلات تکمیلی تشکیل و زیر نظر معاونت آموزشی دانشگاه متمرکز گردید. همچنین از سال ۱۳۷۳ دانشگاه سطح آموزشی خود را با راه‌اندازی دوره دکتری در رشته‌های فقه و حقوق خصوصی و فقه و حقوق جزا ارتقا بخشید.
دانشگاه شهید مطهری (ره) به مرور زمان با توسعه کمی و کیفی، در رشته‌های مختلف آموزش عالی، شعب متعددی را در کشور تأسیس کرد و رشته‌های خود را با اعمال برخی اصلاحات، به چند رشته تخصصی‌تر گسترش داد. در حال حاضر دانشگاه در پنج رشته فقه و حقوق خصوصی، فقه و حقوق جزاء، فقه و حقوق خانواده، فلسفه و حکمت اسلامی و شیعه شناسی گرایش کلام در مقطع کارشناسی ارشد دانشجو می‌پذیرد. همچنین در این دانشگاه، دانشجویان در چهار رشته فقه و حقوق خصوصی، فقه و حقوق جزا، فلسفه تطبیقی و کلام اسلامی در مقطع دکتری در حال تحصیل هستند.
تاکنون از دانشگاه شهید مطهری (ره) بیش از ۴۷۵ نفر در مقطع کارشناسی ارشد ناپیوسته و ۱۲۰ نفر نیز در مقطع دکتری فارغ‌التحصیل شده‌اند.
اداره تحصیلات تکمیلی در این دانشگاه امور ثبت‌نام و خدمات اداری آموزشی دانشجویان مقطع کارشناسی ارشد و دکتری را به عهده دارد. همچنین نظارت بر کیفیت پایان‌نامه‌ها و کیفیت آموزشی در مقاطع تحصیلات تکمیلی به عهده این اداره است.