ولایت به معنای قرب، حقیقتی است که هم بر خدا و هم بر انسان کامل، اطلاق می‌شود.

ملاصدرا با کمک مبانی وجود شناختی، اثبات می‌کند که ولی علت وجود عالم در قوس نزول و واسطه‌ی فیض از جانب خدای متعال می‌باشد؛ وی هم چنین بر اساس مبانی انسان شناختی، ولی را علت غایی، مقصود آفرینش و مایه‌ی دوام و بقای موجودات معرفی می‌نماید.

هر انسانی در طی قوس صعود، نوع منحصر به فردی می‌گردد که متناسب با آن نوع، در مرتبه ای از مراتب ولایت قرار می‌گیرد؛ ولی با به کمال رساندن قوه‌ی نظری و عملی خویش، صاحب مقام کن، قادر به تصرف در کائنات و فانی در ذات الهی ‌می‌شود.

امامت بالاترین مرتبه از مراتب ولایت و آخرین مقامی است که انسان کامل به آن نائل می‌گردد. ملاصدرا ولایت را به عامه و خاصه و نیز تکوینی وتشریعی تقسیم می‌کند. ولایت خاصه خود به دو نوع عطایی و کسبی تقسیم شده که صاحب ولایت خاصه و عطایی به فناء ذاتی، صفتی و فعلی در خداوند رسیده و مقامش کامل‌تر و بالاتر از صاحب ولایت کسبی است.

به نظر ملاصدرا نبوت از مراتب ولایت و دارای ظاهر و باطن است، ولایت باطن نبوت بوده و شریعت ظاهر آن می‌‌باشد. مقام نبوت عطائی و مقام ولایت اکتسابی است. نبوت و رسالت منقطع هستند اما ولایت و امامت همیشه باقی است.ملاصدرا برای اولیاء خدا، خصلت های علمی و عملی و نیز شرایط اولیه و ثانویه‌ای را بر‌می‌شمرد. او معتقد است مقام ولایت در سفر سوم اسفار‌‌ اربعه حاصل می‌شود که همان مرتبه‌ی ایاک نعبد است. وی با استناد به قاعده‌ی امکان اشرف، وجود حجت الهی را اثبات کرده و تبیین می‌کند که نبی و امام، نوع عالی و اشرف از سایر انواع می‌باشند.

تمامی دانسته‌های انسان‌های عالم، نزد انسان کامل یا ولی الله، موجود می‌باشد و او به همه‌ی آنها علم دارد و حتی از این مرتبه هم بالاتر و آن اینکه ولی، واسطه‌ی فیض الهی است؛از نظر ملاصدرا تنها مسیر معرفتی، کلام معصوم(ع) است و جز از طریق تبعیت از حضرت ختمی مرتبت(ص) و ائمه معصومین(ع) نمی‌توان به حقایق اشیاء و معارف حقیقی دست پیدا کرد.