انجمن علمی دانشجویی
حرکت و رشد در دانشگاه منحصر به کلاس درس نیست بلکه دانشجویان می‌توانند در ساخت‌ها و زمینه‌های مختلف و متنوع به پرورش استعدادهای خود بپردازند و داشته‌های خود را در حوزه‌های علمی و فرهنگی در معرض دید و نقد دیگران قرار داده و ارتقاء بخشند.
انجمن‌های علمی دانشجویی به عنوان بزرگترین تشکل دانشجویی با هدف مشارکت دانشجویان در فعالیت‌های علمی تخصصی برای هر کدام از رشته‌های تحصیلی دانشگاه ایجاد شده است. کار ویژه اصلی فعالیت انجمن‌های علمی دانشجویی ترویج علم و فناوری، کمک به تقویت ارتباط دانشگاه و جامعه و آموزش مهارت‌های تخصصی برای آماده‌سازی دانشجویان برای ورود به کسب و کار بعد از دانش‌آموختگی است. تجربه نشان داده است که تمام فعالان انجمن‌های علمی دانشجویی به عنوان افرادی موفق وارد بازار کار و جامعه شده‌اند. همچنین در طول دوران تحصیل نیز از دانشجویان و موفق نخبه دانشگاه بوده‌اند. دلیل این امر هم داشتن مهارت‌های کار گروهی، تبدیل ایده به عمل، مدیریت رویداد، تفکر انتقادی و مهارت‌های ارتباطی است که در طول دوران فعالیت در انجمن‌های علمی دانشجویی کسب کرده‌اند. هر دانشجوی دانشگاه شهید مطهری (ره) بسته به رشته تحصیلی خود می‌تواند در یکی از انجمن‌های علمی دانشجویی دانشگاه عضو شده و فعالیت کند.
انجمن‌های علمی دانشجویی یکی از تشکل‌هایی است که فضایی را فراهم می‌آورد تا دانشجویان ابعاد دیگر علم‌آموزی و پژوهش را با فعالیت‌های دانشجویی در هم آمیزند و فضایی نو و تازه را در دانشگاه خلق و تجربه کنند.
برگزاری دوره‌ها و کارگاه‌های علمی و مهارتی، برگزاری جلسات نقد و آزاداندیشی، بازدیدهای علمی، دعوت از اهالی فرهنگ و اندیشه و برگزاری نشست در نسبت با موضوعات و مسائل روز جامعه و انقلاب، انتشار مجلات دانشجویی و تخصصی، انتشار مقالات علمی و... از نمونه فعالیت‌های انجمن‌هاست. خلاقیت، نوآوری و ابتکار شاخصه کار انجمن‌هاست که در حوزه مسائل تخصصی هر رشته با توجه به نیازهای جامعه و انقلاب و با هدایت اساتید راهنما به‌گونه‌ای که مکمل فعالیت‌های دانشکده/بخش باشد، فعالیت‌های انجمن را سامان می‌دهد.
انجمن‌های علمی دانشجویی با همراهی معاونت دانشجویی و فرهنگی، معاونت پژوهشی دانشکده‌ها و مرکز زبان و با مشارکت فعال و خودجوش دانشجویان اداره می‌شود. شورای مدیریت انجمن‌ها هر سال با کاندیداتوری دانشجویان علاقمند و با صلاحیت و با رأی مستقیم تمامی دانشجویان تشکیل می‌شود.