مدرسه عالی شهید مطهری، یکی از موسسات آموزش عالی کشور است که بنای آن بوسیلة میرزا حسین خان سپهسالار در سال 1296 قمری بر اساس نهاد وقف بنیان نهاده شد. این مدرسه عالی از پیشینه طولانی در زمینه تلفیق نظام و مفاد تعلیمی حوزه و دانشگاه برخوردار است.
بعد از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی با انتصاب آیت الله امامی کاشانی به عنوان تولیت مدرسه عالی شهید مطهری از سوی امام خمینی(ره) فعالیت آموزشی آن از سال 1361 با پذیرش دانشجو آغاز گردید.